中国科学院海洋研究所始建于 1950 年 8 月1日，是从事海洋科学基础研究与应用基础研究、高新技术研发的综合性海洋科研机构，是国际海洋科学领域具有重要影响的研究所。
研究所现有在职职工700余人，其中专业技术人员近500人；中科院院士3人、工程院院士1人，博士生导师101人，硕士生导师58人。作为中国科学院博士研究生重点培养基地，研究所设有海洋科学、环境科学与工程、水产3个一级博士点、9个二级博士点和10个硕士点，以及海洋科学博士后流动站。
建所60多年来，研究所面向国家需求和国际海洋科学前沿，不断凝练和调整学科方向，重点在蓝色农业优质、高效、持续发展的理论基础与关键技术，海洋环境与生态系统动力过程，海洋环流与浅海动力过程，以及大陆边缘地质演化与资源环境效应等领域开展了许多开创性和奠基性工作，为我国国民经济建设、国家安全和海洋科学技术的发展做出了重大创新性贡献。共取得900余项科研成果，其中国家一等奖6项，国家二等奖24项，全国科学大会奖15项，山东省科技最高奖3项，中科院和省部委重大成果奖、科技一等奖127项，国际奖16项。共发表论文9400余篇（其中SCI/EI收录论文2600余篇），出版专著210余部；共获国际发明专利授权7件，国家发明专利授权270余件，实用新型专利授权140余件，外观设计专利50余件。
“十二五”期间，研究所将紧紧围绕“一三五”发展规划目标，致力于综合性海洋科学基础研究和技术研发，立足近海环境演变与生物资源可持续利用的理论创新与关键技术的综合交叉与系统集成，拓展深海环境与战略性资源探索的先导性研究，重点在我国海洋生物资源的新认知、新品种和新生产体系，中国近海环境演变机理与生态灾害发生的预测和防控，热带西太平洋环流变异及其对气候、环境的影响方面研究取得重大突破，同时重点培育西太平洋地质演化与沉积记录、深海环境综合探测研究、海洋生物多样性与分子系统演化、海洋生物活性物质与生物能源发掘利用、海洋环境腐蚀与生物污损防护技术等学科方向，在我国海洋科技领域发挥不可替代的引领作用，成为有国际影响力的海洋科学和技术研究机构。