实验室的研究方向是动物组织器官形态发生与适应性进化。以果蝇和海鞘等模式动物为材料，通过细胞遗传发育生物学技术手段，结合数学物理模型，研究囊泡极性运输、细胞骨架动态、细胞外基质物理特性在动物重要器官形成过程中的角色和功能。同时运用组学途径揭示海鞘环境适应的基因组学基础及肠道微生物同宿主间的协同进化。在器官发育和稳态维持机制等方面取得重要进展，发现了脊索管腔形成的细胞学过程，揭示了调控细胞及器官形态发育变化的重要信号通路，建立了决定生物管腔几何形状的数学物理模型。研究成果发表在PNAS, PLoS Biology, eLife, Nature Communications，Cell Reports，Development、FASEB J等领域主流刊物。