水产学院于1946年设立，是我国最早建立的高等水产教育单位。1984年和1986年先后获得捕捞学、水产养殖学和渔业资源硕士学位授予权，于1986年和1998年分别获得当时我国唯一的水产养殖和渔业资源博士学位授予权，1999年被人事部批准为水产学一级学科博士后流动站，2000年被国务院学位办批准为博士学位授权一级学科。1989年水产养殖专业被评为国家二级重点学科，2007年渔业资源专业被评为国家二级重点学科，2007年水产学科被评为国家一级重点学科。长期以来，水产学科一直为中国海洋大学两大核心和重要特色学科之一，并成为我国历次水产业革命性浪潮的主要推动者和实践者。在2004、2007和2012的三轮全国水产学科评估中均获得第一名，在2017年公布的学科评估中获评A+，同年入选教育部“世界一流”学科建设名单。

学院现拥有水产养殖和海洋渔业两个系，设有水产养殖、海洋资源与环境、海洋渔业科学与技术3个本科专业，以及水产养殖、渔业资源、捕捞学、水生生物学、动物学、渔业发展等6个硕士点和博士点，构建了“本科-硕士-博士-博士后”完整的人才培养体系，是国内水产学科人才培养层次最高、最齐全的高等教学单位。学院拥有海水养殖教育部重点实验室、水产动物营养与饲料农业部重点实验室、海水养殖教育部工程技术研究中心、国家级水产科学实验教学示范中心，同时也是“青岛海洋科学与技术试点国家实验室”相关功能实验室的重要组成。

学院现有博士生导师36人，硕士生导师70余人，在读研究生700余人。各主要方向都形成了年轻知名教授担纲的梯队，本学科点现有中国工程院院士1名（麦康森），中国科学院院士1名（宋微波），先后有4人获得获得国家自然科学基金杰出青年基金项目资助，3人为长江学者特聘教授，10人获得教育部跨世纪人才奖励，2人获得山东省教学名师荣誉称号。另外，还有一支由中国科学院海洋研究所、国家海洋局第一海洋研究所、中国水产科学研究院黄海水产研究所一批著名专家学者以及由我校“海外教授团”为主体的国外知名学者组成的高水平“客座教师”队伍定期来校授课和讲学。目前，一支由“固定人员和流动人员相结合、国内与国外相结合”的、以中青年学术骨干为主体的高水平师资队伍已经形成，为研究生培养提供了良好的发展环境和广阔的发展空间。