水产生物遗传育种：围绕重要海水养殖种类的分子遗传学与分子育种、细胞遗传学与细胞工程育种，着力研究其经济性状的遗传基础和调控方式，系统开展种质资源的精准评价和基因发掘，建立高效育种技术与品种创制体系，为提高水产种业的核心竞争力提供科技支撑；开展有代表性的海洋生物基因组学、功能基因组学研究；开展适应进化生物学研究，了解生物重要性状起源、演化的基础，深入理解生命发生、发展的本质。

水产动物营养与饲料：系统探索海水养殖动物生长、健康和品质形成的营养代谢基础和调控机制，构建我国海水养殖代表种精准营养需求数据库，研发替代鱼粉的新型饲料蛋白源和替代技术体系，开发保障养殖水产品品质安全和环境友好的高效饲料配制新工艺和新技术。

水产动物免疫与疾病防控：聚焦我国水产健康养殖的关键科学理论问题及水产养殖业绿色高质量发展的重要需求。围绕水产动物病害的流行病学、病原学、传播途径、检测诊断、预防控制关键技术等科学问题，系统研究海水养殖动物主要疾病的流行规律，解析主要流行性疾病的病原分子特性，研发现场、快速、准确、灵敏的检测诊断技术；阐释鱼体的免疫应答规律，研制候选疫苗，构建疫苗效果评价技术和高效使用策略，建立重大疾病的预警、预防和控制技术体系。

水产养殖生态学与养殖工程：围绕养殖生物间的互利机制、养殖活动与环境相互作用等科学问题，研创高效低碳养殖模式和技术，引领和支撑我国海水养殖业绿色发展；系统开展养殖装备与工程技术研究，为水产养殖工业化、智能化提供装备和工程技术支撑。